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加快打造原始創(chuàng)新策源地,，加快突破關(guān)鍵核心技術(shù),，努力搶占科技制高點(diǎn)，為把我國(guó)建設(shè)成為世界科技強(qiáng)國(guó)作出新的更大的貢獻(xiàn),。

——習(xí)近平總書記在致中國(guó)科學(xué)院建院70周年賀信中作出的“兩加快一努力”重要指示要求

面向世界科技前沿,、面向經(jīng)濟(jì)主戰(zhàn)場(chǎng),、面向國(guó)家重大需求、面向人民生命健康,，率先實(shí)現(xiàn)科學(xué)技術(shù)跨越發(fā)展,，率先建成國(guó)家創(chuàng)新人才高地，率先建成國(guó)家高水平科技智庫(kù),，率先建設(shè)國(guó)際一流科研機(jī)構(gòu),。

——中國(guó)科學(xué)院辦院方針

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科學(xué)家研發(fā)出基因編輯動(dòng)物新發(fā)突變數(shù)據(jù)庫(kù)

2024-11-08 北京基因組研究所

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語(yǔ)音播報(bào)

基因編輯動(dòng)物在生物科學(xué)和醫(yī)學(xué)研究中發(fā)揮著重要作用,，在農(nóng)業(yè)領(lǐng)域展現(xiàn)出實(shí)際應(yīng)用潛力,。隨著基因編輯技術(shù)的發(fā)展，基因編輯動(dòng)物的數(shù)量快速增長(zhǎng),。學(xué)界越來(lái)越關(guān)注基因編輯系統(tǒng)對(duì)生物基因組的影響以及基因編輯動(dòng)物可能出現(xiàn)的新發(fā)突變問(wèn)題,。目前，關(guān)于基因編輯動(dòng)物數(shù)據(jù)的整理,、匯總及標(biāo)準(zhǔn)化分析相對(duì)缺乏,，限制了研究人員挖掘和利用這些數(shù)據(jù)。

近日，中國(guó)科學(xué)院北京基因組研究所（國(guó)家生物信息中心）趙文明團(tuán)隊(duì),、昆明動(dòng)物研究所王國(guó)棟研究組,、遺傳與發(fā)育生物學(xué)研究所張永清研究組，在《核酸研究》（Nucleic Acids Research）上發(fā)表了題為VDGE: a data repository of variation database for gene-edited animals across multiple species的研究成果,。該團(tuán)隊(duì)從實(shí)驗(yàn)室基因編輯猴和基因編輯犬出發(fā),，收集、整理并分析了目前具有家系全基因組數(shù)據(jù)的相關(guān)數(shù)據(jù)集,，構(gòu)建了基因編輯動(dòng)物新發(fā)突變數(shù)據(jù)庫(kù)VDGE,，實(shí)現(xiàn)了基因編輯動(dòng)物新發(fā)突變的標(biāo)準(zhǔn)化分析、整合和展示,，為相關(guān)數(shù)據(jù)的挖掘和利用提供了綜合信息平臺(tái),。

VDGE包括物種、家系,、樣本,、目標(biāo)突變、變異和相關(guān)基因6個(gè)關(guān)鍵模塊,。目前,，VDGE的數(shù)據(jù)主體來(lái)源于具有家系全基因組測(cè)序數(shù)據(jù)的相關(guān)數(shù)據(jù)集，涵蓋恒河猴,、食蟹猴和犬等物種的107個(gè)動(dòng)物家系,、174個(gè)全基因組測(cè)序樣本、56個(gè)目標(biāo)突變,、115,710個(gè)變異和12,708個(gè)相關(guān)基因,。同時(shí)，VDGE整合了部分缺乏全基因組測(cè)序數(shù)據(jù)的基因編輯豬和犬以及與它們相關(guān)的目標(biāo)突變信息,。未來(lái),，VDGE將整合更多的基因編輯物種以及多種類型的變異數(shù)據(jù),，為科研人員提供更全面和多樣化的數(shù)據(jù)資源平臺(tái),。

研究工作得到科技創(chuàng)新-2030重大項(xiàng)目、國(guó)家重點(diǎn)研發(fā)計(jì)劃,、中國(guó)科學(xué)院戰(zhàn)略性先導(dǎo)科技專項(xiàng)等的支持,。

VDGE數(shù)據(jù)庫(kù)

論文鏈接

VDGE數(shù)據(jù)庫(kù)構(gòu)建流程與內(nèi)容展示

基因編輯動(dòng)物在生物科學(xué)和醫(yī)學(xué)研究中發(fā)揮著重要作用，在農(nóng)業(yè)領(lǐng)域展現(xiàn)出實(shí)際應(yīng)用潛力,。隨著基因編輯技術(shù)的發(fā)展,，基因編輯動(dòng)物的數(shù)量快速增長(zhǎng)。學(xué)界越來(lái)越關(guān)注基因編輯系統(tǒng)對(duì)生物基因組的影響以及基因編輯動(dòng)物可能出現(xiàn)的新發(fā)突變問(wèn)題,。目前,，關(guān)于基因編輯動(dòng)物數(shù)據(jù)的整理、匯總及標(biāo)準(zhǔn)化分析相對(duì)缺乏，限制了研究人員挖掘和利用這些數(shù)據(jù),。近日,，中國(guó)科學(xué)院北京基因組研究所（國(guó)家生物信息中心）趙文明團(tuán)隊(duì)、昆明動(dòng)物研究所王國(guó)棟研究組,、遺傳與發(fā)育生物學(xué)研究所張永清研究組,，在《核酸研究》（Nucleic Acids Research）上發(fā)表了題為VDGE: a data repository of variation database for gene-edited animals across multiple species的研究成果。該團(tuán)隊(duì)從實(shí)驗(yàn)室基因編輯猴和基因編輯犬出發(fā),，收集,、整理并分析了目前具有家系全基因組數(shù)據(jù)的相關(guān)數(shù)據(jù)集，構(gòu)建了基因編輯動(dòng)物新發(fā)突變數(shù)據(jù)庫(kù)VDGE,，實(shí)現(xiàn)了基因編輯動(dòng)物新發(fā)突變的標(biāo)準(zhǔn)化分析,、整合和展示，為相關(guān)數(shù)據(jù)的挖掘和利用提供了綜合信息平臺(tái),。VDGE包括物種,、家系、樣本,、目標(biāo)突變,、變異和相關(guān)基因6個(gè)關(guān)鍵模塊。目前,，VDGE的數(shù)據(jù)主體來(lái)源于具有家系全基因組測(cè)序數(shù)據(jù)的相關(guān)數(shù)據(jù)集,，涵蓋恒河猴、食蟹猴和犬等物種的107個(gè)動(dòng)物家系,、174個(gè)全基因組測(cè)序樣本,、56個(gè)目標(biāo)突變、115,710個(gè)變異和12,708個(gè)相關(guān)基因,。同時(shí),，VDGE整合了部分缺乏全基因組測(cè)序數(shù)據(jù)的基因編輯豬和犬以及與它們相關(guān)的目標(biāo)突變信息。未來(lái),，VDGE將整合更多的基因編輯物種以及多種類型的變異數(shù)據(jù),，為科研人員提供更全面和多樣化的數(shù)據(jù)資源平臺(tái)。研究工作得到科技創(chuàng)新-2030重大項(xiàng)目,、國(guó)家重點(diǎn)研發(fā)計(jì)劃,、中國(guó)科學(xué)院戰(zhàn)略性先導(dǎo)科技專項(xiàng)等的支持。VDGE數(shù)據(jù)庫(kù)論文鏈接VDGE數(shù)據(jù)庫(kù)構(gòu)建流程與內(nèi)容展示

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