研究構(gòu)建綜合性的新生RNA數(shù)據(jù)庫----中國科學院

加快打造原始創(chuàng)新策源地，加快突破關(guān)鍵核心技術(shù)，努力搶占科技制高點，為把我國建設(shè)成為世界科技強國作出新的更大的貢獻。

——習近平總書記在致中國科學院建院70周年賀信中作出的“兩加快一努力”重要指示要求

面向世界科技前沿、面向經(jīng)濟主戰(zhàn)場、面向國家重大需求、面向人民生命健康，率先實現(xiàn)科學技術(shù)跨越發(fā)展，率先建成國家創(chuàng)新人才高地，率先建成國家高水平科技智庫，率先建設(shè)國際一流科研機構(gòu)。

——中國科學院辦院方針

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研究構(gòu)建綜合性的新生RNA數(shù)據(jù)庫

2025-07-14 廣州生物醫(yī)藥與健康研究院

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近日，中國科學院廣州生物醫(yī)藥與健康研究院研究員鮑習琛團隊收集并整理了涵蓋22個物種、415項研究的3664個新生RNA測序數(shù)據(jù)集，構(gòu)建了綜合性的新生RNA數(shù)據(jù)庫NaRaDa，并提供樣本質(zhì)控信息，以確保用戶可篩選高質(zhì)量數(shù)據(jù)集。進一步，NaRaDa鑒定了558574個來自不同物種的轉(zhuǎn)錄調(diào)控元件，用戶可通過感興趣的基因來探索，也可通過篩選具有特定處理或?qū)嶒灄l件的項目來獲取其對應(yīng)調(diào)控元件。同時，NaRaDa支持用戶在線分析不同新生RNA數(shù)據(jù)集的轉(zhuǎn)錄調(diào)控變化，包括新生RNA表達差異、RNA聚合酶的暫停/釋放轉(zhuǎn)變以及轉(zhuǎn)錄調(diào)控元件的活躍程度變化。用戶可下載并利用上述信息，深入剖析基因和調(diào)控元件在各種情況下的轉(zhuǎn)錄動力學。

該研究構(gòu)建了綜合性的新生RNA數(shù)據(jù)庫，為解析轉(zhuǎn)錄起始變化、RNA代謝動力學及基因調(diào)控網(wǎng)絡(luò)提供了資源庫。

相關(guān)研究成果以NaRaDa: A comprehensive nascent RNA database為題，發(fā)表在The Innovation Life上。研究工作得到國家自然科學基金委員會、科學技術(shù)部等的支持。

論文鏈接

NaRaDa的整體框架

動態(tài)解析基因組轉(zhuǎn)錄調(diào)控是解讀細胞命運和疾病發(fā)生機制的關(guān)鍵。然而，傳統(tǒng)RNA測序技術(shù)受限于高豐度穩(wěn)態(tài)RNA，難以捕捉轉(zhuǎn)錄活動的即時變化。近年來，新生RNA測序技術(shù)成為實時監(jiān)測轉(zhuǎn)錄動態(tài)的關(guān)鍵工具。相較于傳統(tǒng)RNA測序技術(shù)，新生RNA測序技術(shù)可從新生RNA即時表達情況、轉(zhuǎn)錄暫停情況及非編碼轉(zhuǎn)錄調(diào)控元件的活躍情況三個層面提供轉(zhuǎn)錄調(diào)控信息。近日，中國科學院廣州生物醫(yī)藥與健康研究院研究員鮑習琛團隊收集并整理了涵蓋22個物種、415項研究的3664個新生RNA測序數(shù)據(jù)集，構(gòu)建了綜合性的新生RNA數(shù)據(jù)庫NaRaDa，并提供樣本質(zhì)控信息，以確保用戶可篩選高質(zhì)量數(shù)據(jù)集。進一步，NaRaDa鑒定了558574個來自不同物種的轉(zhuǎn)錄調(diào)控元件，用戶可通過感興趣的基因來探索，也可通過篩選具有特定處理或?qū)嶒灄l件的項目來獲取其對應(yīng)調(diào)控元件。同時，NaRaDa支持用戶在線分析不同新生RNA數(shù)據(jù)集的轉(zhuǎn)錄調(diào)控變化，包括新生RNA表達差異、RNA聚合酶的暫停/釋放轉(zhuǎn)變以及轉(zhuǎn)錄調(diào)控元件的活躍程度變化。用戶可下載并利用上述信息，深入剖析基因和調(diào)控元件在各種情況下的轉(zhuǎn)錄動力學。該研究構(gòu)建了綜合性的新生RNA數(shù)據(jù)庫，為解析轉(zhuǎn)錄起始變化、RNA代謝動力學及基因調(diào)控網(wǎng)絡(luò)提供了資源庫。相關(guān)研究成果以NaRaDa: A comprehensive nascent RNA database為題，發(fā)表在The Innovation Life上。研究工作得到國家自然科學基金委員會、科學技術(shù)部等的支持。論文鏈接NaRaDa的整體框架

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